O Museu de Zoologia da Unesc, foi fundado no dia 26 de setembro de 2002, em parceria com o 10º Pelotão da Guarnição Especial de Polícia Militar Ambiental . O Museu oferece ao público três exposições de longa duração localizadas no campus da Universidade do Extremo Sul Catarinense: uma sobre os Animais da Mata Atlântica que expõe legítimos representantes da fauna silvestre regional taxidermizados.
Outra sobre o Ecossistema Marinho que apresenta espécies taxidermizadas e esqueletos de animais marinhos encontrados no litoral sul de Santa Catarina. E outra sobre a Vida Selvagem que apresenta as espécies animais que habitam os principais biomas brasileiros, como a Floresta Amazônica, o Cerrado, a Caatinga, o Pantanal, a Mata Atlântica e os Pampas, bem como algumas espécies representativas de outros países revelando a beleza, o esplendor e a diversidade da vida animal, na multiplicidade de suas formas, tamanhos, cores e movimentos. Para ampliar seu potencial comunicativo, o Museu de Zoologia adotou como estratégia de exposição o uso de dioramas que representam tanto quanto possível a realidade do ambiente, possibilitando aos visitantes observar como se dá a interação dos animais entre sí e os habitats das diferentes espécies. Os dioramas são utilizados também como estratégia didática na perspectiva de aproximação do público com o conhecimento da vida animal, exercendo um papel importante na sensibilização para a conservação da natureza. Os visitantes participam de visitas gratuitas e mediadas às exposições, onde escutam sons característicos de mata atlântica e ambiente marinho. Tucanos, macacos, onça-pintada, lobos e leões marinhos, tartarugas, golfinhos e o esqueleto de uma baleia- de-Bryde com 13,5 m de comprimento, são algumas das espécies em exposição, além disso, os visitantes podem se divertir e interagir com a réplica de um filhote de Tiranossauro Rex de cinco metros de comprimento. O Museu de Zoologia oferece diferentes programas educativos, proporcionando principalmente ao publico escolar, a realização de atividades pedagógicas signif**ativas e estimulantes para o aprendizado. Mediante ao seu potencial educativo o Museu de Zoologia foi reconhecido nacionalmente pelo Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM) em duas edições do Prêmio Darcy Ribeiro de Educação. O Museu vem se destacando como um importante espaço atrativo para o turismo cultural no sul do estado, recebendo um expressivo número de visitantes que buscam o museu como espaço de lazer, convivência e compartilhamento de experiências sobre a fauna Sul Catarinense.