Il Museo Diocesano e Cripta di San Rufino, istituito nel 1941, come emanazione della Diocesi assisana e del Capitolo della Cattedrale, conserva e promuove i preziosi beni artistici della Diocesi e della Cattedrale valorizzandone il significato storico e religioso: l’incontro con la bellezza delle opere d’arte diviene nel nuovo contesto architettonico un’esperienza ricca e densa di significati. Tra
le opere, di particolare interesse storico-artistico, si ricordano:
* Affreschi staccati con "Storie della Passione" di Puccio Capanna (post 1348);
* Stendardo processionale con "San Francesco d’Assisi in gloria" e "Crocifissione" (1378);
* Polittico di San Rufino (1462) di Niccolò Alunno
* Stendardo processionale con il "Martirio di Santa Caterina d’Alessandria" (1627) di Orazio Riminaldi;
Completano la visita:
* Il Chiostro (XI secolo) con un pozzo romano, conosciuto come Pozzo della Mensa;
* La Cripta di San Rufino (XI secolo), suggestivo ambiente sotterraneo, dove si conserva il sarcofago romano (III secolo d.C.) Nella Cripta san Francesco usava ritirarsi in preghiera quando predicava nella Cattedrale;
* La Collezione Perkins, composta di 33 opere; fra gli artisti presenti spiccano Jacopo della Quercia, Niccolò di Segna, Santi di Tito, Justus Sustermans e altri della scuola di Giovanni Boccati, Filippo Lippi, Luca Signorelli, Giovanni Santi e Duccio di Buoninsegna.
