Il Museo San Nicolò è uno dei primi musei di arte sacra sorti in Sicilia. Fondato nel 1985, è allestito nei locali sottostanti e nelle suggestive cripte della chiesa Madre omonima. Custodisce e, in parte, espone il patrimonio di argenti, paramenti sacri, dipinti, sculture lignee e marmoree, frammenti lapidei della chiesa madre e delle chiese affiliate, nonché donazioni e depositi. Il museo si sviluppa, per una superfici e di circa 600 mq, negli spazi e nelle cripte sottostanti la chiesa madre di San Nicolò, monumentale costruzione sorta tra il 1720 e il 1770, in stile tardo barocco, e dichiarata dall' Unesco patrimonio dell'umanità nel 2002, nel contesto del Val di Noto. Il sistema delle cripte, opportunamente recuperato e riportato all'assetto originario - sono infatti visibili il vano principale con un altare in pietra, l'attiguo colatoio e altre sei sale - ospita il tesoro, costituito dagli argenti e dai gioielli; la sala delle sculture accoglie soprattutto opere del 400, 500 e 600. Nelle ampie sale prospicienti la piazzetta antistante il museo, è allogata, infine, la pinacoteca dove sono esposti i dipinti più antichi e pregevoli. La pinacoteca si sviluppa anche nei piani superiori ed è ancora in fase di allestimento. Aspetta ancora sistemazione definitiva anche la collezione di paramenti. Il patrimonio del museo San Nicolò è costituito infatti da più collezioni:
- nella sala di ingresso sono conservate lapidi dei secoli XVII-XVIII, provenienti dalla chiesa madre e dalle chiese filiali;
- la II sala, sottostante al transetto della chiesa, insieme alla III, IV, V e VI, ancora da allestire, ospiterà i paramenti sacri. Fra questi una ca****la in damasco rosso con ricami policromi figurati con scene della vita di sant'Agata, una ca****la in seta gialla ricamata in oro di fattura romana, una ca****la settecentesca in spolinato d'argento che reca gli stemmi delle famiglie Branciforti-Pignatelli;
- la VII sala, che ospita una collezione di campane, immette nel sistema delle cripte.
- nelle sale da esse ricavate ( VIII-XIII ), sono esposti gli argenti. Essi sono ordinati per provenienza, consentendo di leggere anche le scelte e la diversa consistenza socio economica delle committenze: si passa dal ricco arredo della confraternita del SS. Crocifisso al Calvario, con un monumentale ostensorio del messinese Pietro Paparcuri, calici di fattura messinese e quattro lampade del palermitano Agostino Natoli, a calici secenteschi e all'arredo della chiesa del monastero di sant'Agata, di cui fa parte una raffinata tavoletta angelica del 500 e i calici e l'ostensorio di Saverio Corallo; il raffinato busto argenteo di S. Benedetto e gli argenti del monastero cassinese, elegante edificio secentesco, oggi sede di rappresentanza del Comune e il tesoro della chiesa Madre della vicina Palagonia, tra cui spicca una pisside datata 1475, completano il settore.
- la sala delle sculture, insieme ad altri reperti lapidei del 400 e 500, espone un quattrocentesco Cristo morto in pietra e uno splendido dipinto su tavola raffigurante l'Annunciazione;
- nella pinacoteca quadri del Paladini, Candrilli, Camparetto, Vaccaro, Guzzone fanno degna cornice ad un pulpito della seconda metà del 500 e a un altare e un tronetto lignei seicenteschi.
