Muzeum ukazuje rolę kapelanów w życiu wojska oraz narodu polskiego na przestrzeni wieków. Muzeum w przystępny i atrakcyjny sposób, za pomocą filmów, paneli dotykowych opatrzonych multimedialnym komentarzem, jak i eksponatów umieszczonych w szklanych gablotach przedstawia losy duszpasterstwa wojskowego od czasu chrztu Polski, do czasów nam współczesnych. Ekspozycja muzealna nieprzypadkowo mieści się w podziemiach Katedry Polowej Wojska Polskiego, świątynia ta w krajobrazie Warszawy odgrywała i odgrywa obecnie znaczącą rolę. W tym miejscu upamiętniane są ważne wydarzenia z historii polskiej wojskowości i martyrologii wojennej, tu przez lata gromadzone były pamiątki związane z kapelanami wojskowymi i wybitnymi postaciami związanymi z polskim Kościołem. Podczas II Wojny Światowej i Powstania Warszawskiego to właśnie Katedra Polowa WP odegrała znamienną rolę w dziejach Starego Miasta i ul. Długiej, przy której zaledwie kilka metrów od kościoła mieścił się spacyfikowany przez Niemców szpital powstańczy. Dziś w muzealnych wnętrzach zwiedzający mogą obejrzeć multimedialne prezentacje przybliżające dzieje katedry oraz losy kapelanów. eksponaty rzemiosła artystycznego pochodzące z połowy XVII stulecia, a także ołtarze polowe, mundury, paramenty liturgiczne wykorzystywane przez duszpasterzy wojskowych oraz dokumenty, filmy archiwalne i fotografie. Specjalne miejsce na ekspozycji muzealnej zajmuje "Krypta smoleńska", poświęcona pamięci kapelanów, którzy zginęli 10 kwietnia 2010 r. w katastrofie lotniczej pod Smoleńskiem.
